Keďže skutočnosť, že kánonické evanjeliá sú inšpirované Bohom, nie je overiteľná, prvý preukázateľný rozdiel medzi kánonickými a apokryfnými evanjeliami je mimo samotných evanjelií: kánonické evanjeliá patria do biblického kánonu, apokryfy nie. To znamená, že západná aj východná cirkev považovali kánonické knihy za autentickú apoštolskú tradíciu už od generácie, ktorá nasledovala bezprostredne po apoštoloch, kým apokryfy (aj keď niektoré z nich sa v niektorých komunitách sporadicky používali) sa nepresadili a neboli uznané všeobecnou cirkvou.
Jedným z dôležitých dôvodov tohto výberu, ktorý vie doložiť historická veda, je to, že kánonické knihy boli napísané v čase apoštolov, teda v širšom zmysle ešte za ich života alebo za života ich učeníkov.
Je to zrejmé z citácií kresťanských spisovateľov nasledujúcej generácie a zo skutočnosti, že okolo roku 140 bola zostavená harmónia evanjelií, ktorá čerpala údaje zo štyroch evanjelií, ktoré sa neskôr stali kánonickými (Tacián Asýrsky). Na apokryfy sa naopak odkazuje až v neskoršej dobe, koncom druhého storočia. Okrem toho nájdené papyrusy, ktorých text sa podobá evanjeliovým textom, niektoré z nich už z polovice druhého storočia, sú značne útržkovité, fragmentárne. Znamená to, že diela, ktoré boli na nich zapísané, nemali takú váhu, aby sa starostlivo odovzdávali ďalším generáciám.
Pokiaľ ide o zachované alebo nedávno objavené apokryfy, treba povedať, že v porovnaní s kánonickými evanjeliami existujú značné rozdiely čo do formy, tak aj do obsahu.
Apokryfy, ktoré sa zachovali z patristickej doby a zo stredoveku, sú legendárne príbehy opradené fantáziami. Chcú vyhovieť ľudovej zbožnosti tým, že podrobne opisujú to, o čom kánonické evanjeliá nič nehovoria alebo o čom sa vyjadrujú len veľmi stručne. Všeobecne sú v súlade s náukou Cirkvi a predkladajú príbehy o narodení Panny Márie svätému Joachimovi a svätej Anne (Narodenie Márie), o tom, ako pôrodná babica potvrdila panenstvo Márie (Jakubovo protoevanjelium), o zázrakoch, ktoré Ježiš konal ako dieťa (Tomášovo evanjelium detstva) atď.
Diametrálne odlišné sú apokryfné evanjeliá pochádzajúce z egyptského mesta Nag Hammádí, ktoré majú gnostický, heretický charakter. Majú podobu tajných Ježišových výrokov (koptské Tomášovo evanjelium) alebo zjavenia zmŕtvychvstalého Pána, ktoré vysvetľujú vznik hmotného sveta (Jánov apokryf), nanebovstúpenie duše (Máriino [Magdalénino] evanjelium), alebo sú ťažkopádnou zbierkou myšlienok pozbieraných z prípadných homílií či katechéz (Filipovo evanjelium). Hoci niektoré z nich môžu byť značne staré, možno z druhého storočia, rozdiel oproti kánonickým evanjeliám je okamžite zrejmý.
Gonzalo Aranda