Po ukončení štúdia začal pracovať v Kráľovskej nemocnici v Madride. V roku 1935 odišiel do Nemecka, aby pokračoval v štúdiu. V roku 1940, po vypuknutí občianskej vojny, nastúpil na Univerzitnú kliniku v Madride, aby pracoval s Dr. Jiménezom Díazom, ktorého považoval za svojho učiteľa a majstra medicíny. Doktorát ukončil v roku 1944.

V roku 1946 bol povolaný na Katedru všeobecnej patológie Lekárskej fakulty v Cádize, krátko na to však odišiel na Univerzitu v Granade, kde vyučoval klinickú patológiu.

V septembri 1958 nastúpil na novozaloženú Lekársku fakultu Univerzity v Navarre, kde pracoval až do dôchodku.

Jeho otec, vojak z povolania, bol zatknutý v Madride na začiatku španielskej občianskej vojny a odsúdený na smrť. Eduardo so svojou matkou a sestrou s ním strávili noc pred jeho popravou vykonanou dňa 8. septembra 1936. Neskôr o týchto dňoch povedal: „Boli to najbolestnejšie dni môjho života.“ Táto udalosť zanechala hlbokú stopu v jeho duši a bola začiatkom vážnej duchovnej krízy, ktorá viedla k vnútornému obráteniu sa k Bohu.

17. júna 1941 sa oženil s Laurou Busca Otaegui, ktorú spoznal v roku 1935 v Kráľovskej nemocnici v Madride, kde pracovala v lekárni. Mali sedem detí. Práve rodina - manželka a deti - boli v jeho živote na prvom mieste.

1. júna 1952 požiadal o prijatie do Opus Dei. Zoznámenie sa s Dielom v ňom spôsobilo opravdivý zápas o neustále zlepšovanie kresťanského života. Vydal sa na cestu svätosti života, ktorú mu svojím životom a učením ukázal zakladateľ Opus Dei, sv. Josemaría Escriva de Balaguer, s ktorým ho spájal srdečný vzťah.

Krok za krokom, uvedomujúc si Božie synovstvo, rozvíjal v sebe pokornú a pevnú zbožnosť. Ustavične vyžaroval hlboký pokoj a nákazlivú radosť, aj keď čelil vážnym protivenstvám a momentom únavy.

Pracoval tvrdo. Jeho pracovný deň začínal veľmi skoro, a to časom venovaným modlitbe a svätej omši a často končil v skorých ranných hodinách nasledujúceho dňa.

So svojimi kolegami a spolupracovníkmi zaobchádzal starostlivo. Pre svojich študentov bol učiteľom a sprievodcom nielen v odborných, ale aj v ľudských záležitostiach. Ku každému pristupoval priateľsky a láskavo a vždy sa snažil byť druhým nápomocný. Zároveň bol náročný nielen na seba, ale aj na druhých, a to preto, aby talenty, ktoré od Boha dostal on a ostatní, boli použité na Božiu slávu.

Chorí v ňom našli skutočného priateľa, pretože venoval pozornosť každému aspektu ich života a chcel im tak pomôcť k telesnému, ako aj vnútornému uzdraveniu.

V Opus Dei sa naučil ceniť si hodnotu jednoty života. Bolo mu jasné, že starostlivosť o svoju rodinu, štúdium a prácu, ako aj zaobchádzanie s priateľmi, kolegami a študentmi musia byť hlboko preniknuté kresťanským duchom. Každá jeho činnosť, starostlivo premyslená a vykonaná, mu pomáhala primknúť svoju dušu k Bohu. Bola to obeta jeho života premenená na skutočnú kontemplatívnu modlitbu.

V roku 1983 ako 73 ročný ukončil svoju učiteľskú činnosť. Krátko na to mu bol diagnostikovaný rakovinový nádor a pri operácii sa zistilo, že je v pokročilom štádiu a nevyliečiteľný.

Od prvého okamihu si bol vedomý vážnosti svojej choroby a prijal ju, aby sa ešte viac spojil s utrpením Krista na kríži obetujúc svoj život za Cirkev. Ešte v posledných dvoch rokoch svojho života rozvíjal svoje pracovné aktivity usilujúc sa priviesť k Bohu čo najviac duší.

1. mája 1985 ho previezli do Univerzitnej nemocnice v Pamplone, kde počas svojho pracovného života sám poskytoval láskyplnú profesionálnu starostlivosť chorým ľuďom. Zomrel o 9.00 hod 20. mája 1985 opakujúc slová: „Pane, posilni moju vieru, posilni moju nádej a rozmnož moju lásku, aby sa moje srdce stalo podobné Tvojmu!“

Hoci povesť svätosti si na ňom mnohí cenili aj počas života, po jeho smrti sa rýchlo rozširovala a počet tých, ktorí sa k nemu obracajú s prosbou o príhovor u Boha, neustále rastie.