Como a imensa maioria dos espanhóis, São Josemaria ignorava completamente que estava sendo preparado um golpe de Estado para o dia 18 de Julho. A insurreição apanhou-o de surpresa, tal como à grande parte dos sacerdotes e bispos do país.

Durante esses dias São Josemaria estava preparando os começos do trabalho apostólico em Valência e em Paris; e encontrava-se em plena instalação de uma nova sede para a residência de estudantes, que se mudava do número 50 para o número 16 da Rua de Ferraz.

Foram surpreendidos, naquela Residência, pela revolta e pelo subsequente assalto ao Quartel da Montanha, foco da sublevação em Madrid, que se encontrava muito perto. E que o obrigou a ficar dois dias naquele lugar. Em 20 de Julho conseguiu finalmente refugiar-se em casa de sua mãe.

Começou então, perante a perseguição religiosa declarada, a etapa de clandestinidade que se prolongou até finais de 1937, quando conseguiu atravessar a pé os Pirineus, até à zona de Espanha em que podia exercer com liberdade o seu ministério sacerdotal.