Os fiéis do Opus Dei – precisamente enquanto tais – são e sentem-se membros vivos da Igreja universal e de suas respectivas dioceses, de cuja vida participam como os demais fiéis: é preciso ter em conta, aliás, que esta prelazia, diferentemente do que poderia acontecer com outras, não contempla alguns aspectos da pastoral ordinária (batismos, crismas, casamentos, funerais etc.), e, por outro lado, dedica especial atenção à formação de seus fiéis e dos que participam de seus apostolados (encontros e retiros espirituais, estudo das ciências sagradas, direção espiritual pessoal etc.).

A legítima autonomia do Opus Dei para realizar a sua missão eclesial – como, aliás, a autonomia que, em diversos graus, é própria de todo fiel e de qualquer realidade eclesial – sempre é autonomia na comunhão com a Igreja universal e com o Romano Pontífice, e com as Igrejas particulares e com os Bispos diocesanos. Neste sentido, o Opus Dei, na sua atual configuração como prelazia, dispõe da autonomia própria dos entes da constituição hierárquica da Igreja (cuja cabeça é um sujeito com potestade episcopal), que é diferente da autonomia dos entes de estrutura associativa.