En aquellos meses de reclusión forzosa o de constantes cambios de domicilio, su preocupación era rezar por los fieles del Opus Dei y aquellos amigos que acudían por la Residencia de Ferraz. San Josemaría dedicó tiempo generoso a la atención espiritual de estas personas.

Los proyectos que tenía en su alma en el primer semestre de 1936, seguían vivos, aunque el futuro fuera incierto. Abandonado en las manos de Dios, tenía la convicción de que el Opus Dei recobraría su camino. Seguía pensando en su desarrollo. Lo expresa bien una anotación de esa época que luego pasaría a ser el n. 294 de Camino: “No se veían las plantas cubiertas por la nieve. -Y comentó, gozoso, el labriego dueño del campo: "ahora crecen para adentro." -Pensé en ti: en tu forzosa inactividad...-Dime: ¿creces también para adentro?”.

En septiembre de 1937, ante el estancamiento de la guerra civil, comenzó a planear el paso, a través de los Pirineos, a la otra zona de España. El llamado Paso de los Pirineos tenía como objetivo poder desarrollar las actividades del Opus Dei en una zona segura y preparar el futuro de la labor apostólica. 

A. VÁZQUEZ DE PRADA,El Fundador del Opus Dei, ed. Rialp, Madrid 2002, Vol. II, pp. 141-225