Opus Dei se dostává velké chvály zevnitř i zvnějška Katolické církve. Dosud je to ale nová instituce církve. Jako jiné nové organizace, je i Opus Dei, někdy nepochopeno. Tato kritika bývá někdy vyvolána pro velkou věrnost Papeži, biskupům a Katolické víře. Jindy je zdrojem nedorozumění, opravdového nebo domnělého, nepochopení základních charakteristik Opus Dei, jako jsou:

nepochopení, že ve společenských, politických, rodinných, ekonomických a profesionálních otázkách jednají členové podle svého osobního přesvědčení s úplnou svobodou a osobní odpovědností;

nebo nepochopení rozdílu mezi tajemstvím a soukromím, což jsou naprosto odlišné věci;

nebo neschopnost rozlišovat rozdíly mezi světskými nebo laickými podmínkami členů na jedné straně; a kanonickým stavem zasvěceného života a jeho aspekty na straně druhé.

Někdo dobře obeznámený s historií bude těžko překvapen, když objeví dohady kolem relativně nové instituce v církvi. Ve skutečnosti Ježíš Kristus opakovaně nabádal své učedníky aby byli na takovou kritiku připraveni.