Il governo della prelatura dell'Opus Dei spetta al prelato, che è nominato dal Papa. Per poter svolgere in maniera efficace il suo compito pastorale, il prelato conta su un vicario a capo di ognuna delle circoscrizioni territoriali in cui si distribuisce la prelatura nel mondo.

Aiutano il vicario dell'Opus Dei in ogni Paese due consigli: la Commissione Regionale, per gli uomini, e l'Assessorato Regionale, per le donne.

In Italia, dal 2023, il vicario è don Giovanni Manfrini. 

Nato a Verona nel 1971, è stato ordinato sacerdote a Roma il 29 aprile 2017, incardinato nella Prelatura della Santa Croce e Opus Dei. Laureatosi in Giurisprudenza nel 1996 presso l’Università “La Sapienza” di Roma, ha collaborato alla cattedra di Diritto Privato tra il 1996 e il 1998. Ha conseguito il Dottorato in Teologia Morale a Roma presso la Pontificia Università della Santa Croce.

Ha lavorato nel governo dell’Opus Dei in Italia: nella Delegazione di Roma (1995-1998) e nella Delegazione di Palermo (1998-2010).

Dal 2010 al 2023 ha lavorato nel Consiglio Generale della Prelatura della Santa Croce e Opus Dei.

Una volta sacerdote, don Giovanni si è dedicato alla cura pastorale di fedeli dell’Opus Dei a Milano e a Sesto S. Giovanni, occupandosi anche di diverse attività giovanili. Negli ultimi due anni ha seguito le attività pastorali dell’Opus Dei in Liguria.

La sede della Prelatura in Italia è in via Cosimo del Fante, 19 - Milano. Fu san Josemaría a volere che il governo dell'Opus Dei in Italia non si stabilisse a Roma, dove egli risiedeva, perché non voleva che la sua presenza ravvicinata o quella dei suoi successori potesse diminuire la responsabilità di coloro che dovevano governare in Italia.